| Chương I: Những bước đầu của Giáo Hội Việt Nam | 7 | 
| I. Giáo Hội Việt Nam trước thế kỷ XVI | 8 | 
| II. Công cuộc truyền giáo khu vực nhà Hậu- Lê, Nam- Triều | 16 | 
| III. Công cuộc truyền giáo khu vực nhà Mạc, Bắc Triều | 29 | 
| IV. Công cuộc truyền giáo ở miền nam nước Việt | 35 | 
| Chương II: Cha Buzomi, tông đồ xứ Nam | 41 | 
| I. Bách hại Tôn Giáo ở Nhật với công cuộc truyền giáo ở Việt Nam | 41 | 
| II. Nước Việt Nam vào đầu thế kỷ XVII | 48 | 
| III. Cha Buzomi với những thử thách đầu tiên (1615-1618) | 58 | 
| IV. Công cuộc truyền giáo ở Quy Nhơn và Quảng Nam (1618-1622) | 65 | 
| V. Những thử thách tiếp tục của giáo đoàn xứ Nam (1623-1626) | 74 | 
| Chương III: Cha Đắc Lộ, tông đồ xứ Bắc | 83 | 
| I. Cha  Đắc Lộ | 83 | 
| II. Tông đồ xứ Bắc | 91 | 
| III. Cửa Bạng: Những bông lúa đầu mùa | 95 | 
| IV. An Vực, đang khi chờ đợi chúa Trịnh trở về | 98 | 
| V. Trên đường lên Kẻ Chợ | 103 | 
| Chương IV. Giáo đoàn Kẻ Chợ với những thử thách đầu tiên | 111 | 
| I. Kẻ Chợ: Những giáo dân tiên khởi | 111 | 
| II. Tinh thần tông đồ giáo dân | 118 | 
| III. Những thử thách | 121 | 
| IV. Vĩnh biệt xứ Bắc | 127 | 
| Chương V: Cha Đắc Lộ trở lại xứ Nam và công cuộc truyền giáo ở Đô | 135 | 
| I. Cha Đắc Lộ trở lại Đàng trong | 137 | 
| II. Hai lần bị trục xuất, hai lần trở lại | 147 | 
| III. Cha Đắc Lộ trở lại xứ Nam lần thứ tư | 155 | 
| Chương VI: Cha Đắc Lộ với những trang sử máu đầu tiên của giáo đoàn xứ Nam | 165 | 
| I. Những anh hùng xưng đạo | 165 | 
| II. Những thử thách của cha Đắc Lộ và các Thầy giảng | 173 | 
| III. Vĩnh biệt xứ Nam | 184 | 
| Chương VII: Xứ Bắc, các thừa sai dòng Tên sau cha Đắc Lộ | 193 | 
| I. Giáo đoàn xứ Bắc trong thời kỳ vắng mặt các thừa sai | 193 | 
| II. Giáo đoàn xứ Bắc dưới quyền cha Gaspar D'amaral (1632-1640) | 199 | 
| III. Giáo đoàn xứ Bắc dưới quyền cha Felix Morelli (1640-1649) | 208 | 
| IV. Giáo đoàn xứ Bắc dưới quyền cha Hierônimô Majorica (1650-1656) | 214 | 
| V. Cha Onuphre Borgès và lệnh trục xuất 1658,1663 | 221 | 
| Chương VIII: Xứ Nam, các thừa sai dòng Tên sau cha Đắc Lộ (1646-1665) | 231 | 
| I. Giáo đoàn xứ Nam dưới thời cha Métello Saccano (1646-1655) | 231 | 
| II. Giáo đoàn xứ Nam dưới thời cha Phanxicô Rivas và Pedro Marquez (1655-1665) | 241 | 
| Chương IX: Nhìn lại 50 năm truyền giáo của các thừa sai dòng Tên | 249 | 
| I. Một Giáo hội thịnh vượng nhất miền Đông Á | 249 | 
| II. Các thừa sai dòng Tên với nền văn hoá Việt Nam | 268 |